Дело в том, что там достаточно сложная языковая ситуация. В Киргизии сосуществуют русский и киргизский языки, которые имеют равноправный статус.
При этом среди жителей больших городов велика доля тех, которые с детства говорят именно по-русски, а киргизский язык они учат уже в школе. Именно таких людей несколько пренебрежительно называют киргизами.
Если же киргиз знает родной язык с детства, то используется номинация, которая сохраняет фонетику языка: кыргыз.
Таким образом, это уникальная языковая ситуация, в которой негативную оценку получает не само слово, а принцип его произношения!