Будучи успешным режиссером Карен Шахназаров был счастлив и в личной жизни — был женат на Елене Сетунской, которая подарила ему дочь. По словам режиссера, у них была крепкая семья, в которой встречались ссоры, но о разрыве отношений речь никогда не шла. Тем не менее, в мае 1989 года, после представления своей картины «Город Зеро» на Каннском кинофестивале, Шахназаров приехал в пустую квартиру в Москве.
Во время поездки в Канны, Елена Сетунская собрала их общую четырёхлетнюю дочь и улетела в США. Шахназаров отмечал, что при этом она оставила «глупую» записку о том, что покажет дочери Диснейленд. Режиссер пытался искать жену и дочь, но никто не давал ему ответы. Позже, он нашел их в США и даже добивался опеки над дочерью, мучительно переживая происходящее.
Свое видение произошедшего он отразил в художественном фильме «Американская дочь». Картинка, конечно, не передает точную историю режиссера, но фильм частично снимался на территории Америки, а у Шахназарова появилась возможность увидеть подросшую дочь.
Тем не менее, режиссер не пошел на контакт, так как посчитал, что это будет травмой для ребенка, так как она счастлива с матерью и отчимом, а увидеть отца — только расстроить. Тем более, режиссер не мог забрать дочь из Америки, а даже если смог бы, то сам говорил, что Елена — хорошая мать.
В 24 года дочь захотела с ним встретится сама. Шахназаров рассказал ей свою версию семейной драмы, что для нее стала удивительным, так как она воспринимала все как американка и чувства отца ее совсем не взволновали. Сыновья Шахназарова, которые родились во втором браке режиссера, не поддерживают связь с сестрой, а сам он изредка ей звонит.
У экс-супруги Шахназарова своя рекламная компания в США, дочь занята в этом же бизнесе, но с 2011 года проживает в Люксембурге. Кстати, второй брак Шахназарова также не сложился, семья распалась через 10 лет, однако по его словам сыновья даже не заметили этого, так как все свое свободное время режиссер проводил с ними.