Весной 1945 года, когда войска союзников вплотную подходили к центру Берлина и бункеру Адольфа Гитлера, Мартин Борман был назначен командующим группы армии на Восточном фронде и одобрение было быстро получено, так как Генрих Гиммлер показал свою некомпетентность и, соответственно, «нуждался в замене».
Окончательной власти Борман добился лишь в апреле 1945 года, достигнув статуса преемника Гитлера, так как Геринг также утратил доверие фюрера. Кстати, Гитлер и до этого утверждал, что никто, кроме Борман не мог беспрекословно подчиняться приказам. Правда, достижения Борман уже ничего не значили, так как 30 апреля 1945 года он стал свидетелем, как Гитлер и Браун покончили собой, а на следующий день, пока еще тлели их тела недорого от бункера, семья Геббельса проглотила смертельный яд.
В хаосе последних дней фашистской Германии Мартин Борман пропал без вести. Со 2 мая 1945 года свидетели давали противоречивые показания о том, жив ли преемник Адольфа Гитлера, тем не менее, его не нашли даже к окончанию Нюрнбергского процесса и, Борман стал единственным, кого осудили заочно — приговорили к повешению за военные преступления. В последующем в газетах всплывала информация о том, что Борман появился то в Германии, то в Италии, то в Испании, однако достоверно ее никто не мог подтвердить, а правительство ФРГ даже назначило премию в 100 тысяч немецких марок за информацию, которая поможет поймать Бормана.
В 1972 году в Берлине в предполагаемом месте смерти были найдены остатки, которые, как утверждалось, принадлежали Борману и Штупмфеггеру (тому самому врачу Гитлера, который выдавал желающим ампулы с ядом перед окончанием войны). Но даже не смотря на то, что суд признал Борман мертвым еще в 1954 году, а исследователи утверждали, что нашли останки именно его в 1972 году, окончательно вопрос решился только спустя 26 лет.
В 1998 году был проведен ДНК-тест, который подтвердил, что останки, найденные в 1972 году действительно принадлежат Борману и Штупмфеггеру. Стоит отметить, что до сих пор некоторые детали из жизни Мартина Бормана остались не проясненными. Например, до сих пор нет однозначного ответа, какой цели преследовал преемник Гитлера, добившийся полной власти только к концу войны и понимал ли он, что конец близок.