Он стал широко известен в России в 1994 году. Во время штурма Грозного Ковалев активно агитировал за чеченских боевиков и призывал российских военных сдаваться в плен к чеченцам. Впрочем, в 1990х годах практически все либерально-демократическое общество России лоббировало интересы чеченцев, поэтому назвать действия Ковалева уникальными никак нельзя.
Тем не менее, российская власть 1990х считала Сергея Ковалева чуть ли не Иудой из-за его выражений. Например, как-то Ковалев сказал, что ему без разницы какого цвета тряпочка над Кремлем или Государственной думой и добавил, что хотел на них плевать, имея ввиду флаг.
Некоторые считали, что он оправдывал чеченский терроризм. После освобождения заложников «Норд-Оста» Ковалев заявил, что не понимает, как русские спецслужбы могли не задерживая поубивать всех. Задержать нужно было хотя бы в интересах правосудия.
К слову, церковь также довольно негативно относилась к Сергею Ковалеву, так как он заявлял, что Русское православие — антихристианская секта, история которой сводится к попыткам воплотиться в государственную власть, а также создать сеть государственных учреждений. При этом он говорил, что католицизм отличается от православия в лучшую сторону, так как более свободный и светский.
Ковалев также говорил, что Россия — это угроза всему миру. Крымская авантюра России отличалась, по его словам, особой наглостью, масштабностью и неожиданностью. При этом Ковалев подчеркивал, что эта идея не новая для России, так действовали начиная с 1917 года.
