Изначально под словом «погода» подразумевали нечто иное

Словом «погода» изначально характеризовали только хорошую погоду, а «непогода» было его прямым антонимом.

Однокоренное прилагательное «погожий» до сих пор употребляется только в значении «ясный». 

Этимологически погода восходит к общеславянскому корню «год», от которого в русском языке также образованы слова «годный», «годиться».